Được thành lập từ năm 1962, Ngành Y tế huyện Phụng Hiệp lúc ban đầu mang tên Ban Dân y huyện. Đến năm 1965 tách ra thành 2 hệ thống Quân y và Dân y, được sự lãnh đạo của Huyện ủy và Ban Dân y tỉnh. Huyện tổ chức xây dựng Ba Y tế xã để tuyên truyền phòng bệnh, chữa bệnh cho nhân dân và thương bệnh binh.
  Trong suốt thời gian qua, Ngành Y tế huyện Phụng Hiệp, nay là Trung tâm Y tế Ngã Bảy vượt qua những khó khăn, thách thức để đạt những thành tích đáng ghi nhận và trân trọng, góp phần vào công cuộc kháng chiến giành độc lập và thống nhất đất nước cũng như công cuộc xây dựng và phát triển đất nước.
  Qua bao thay đổi từ Trung tâm Y tế Phụng Hiệp, năm 2005 chia tách huyện và đổi tên thành Bệnh viện đa khoa thị xã Tân Hiệp và năm 2007 lại đổi tên thành Bệnh viện đa khoa thị xã Ngã Bảy.
  Quyết địmh 1115/QĐ-UBND ngày 24 tháng 4 năm 2009 về việc thành lập Bệnh viện đa khoa khu vực Ngã Bảy.
  Một lần nữa cũng là bước ngoặt lớn đó là Quyết định số 1747/QĐ-UBND, ngày 28 tháng 8 năm 2012 của UBND tỉnh Hậu Giang về việc nâng từ hạng III lên hạng II.
  Sau khi nâng hạng, hai năm sau vào ngày 10 tháng 12 năm 2014, quyết định số 1746 của UBND tỉnh Hậu Giang về việc thành lập Trung tâm Y tế thị xã Ngã Bảy xác nhập 3 đơn vị: Bệnh viện- Trung tâm Y tế- Chi cục Dân số.
  Hiện nay số giường bệnh 270 kế hoạch được nâng lên 300 giường vào đầu tháng 9 năm 2017, tuy nhiên Trung tâm thực kê hơn 400 giường với số lượt khám bình quân từ 800- 1000 lượt, bệnh nhân nội trú 280-350. Trung tâm Y tế thu hút bệnh nhân từ các huyện Phụng Hiệp, các huyện lân cận của tỉnh Sóc Trăng
  Công tác nghiên cứu khoa học ngày một nâng cao đi vào chiều sâu và áp dụng vào thực tiển có hiệu quả, nhiều đề tài đã được nghiêm thu công nhận. Các kỹ thuật được áp dụng thành công tại Bệnh viện như : Mổ nội soi cắt túi mật, nội soi cắt ruột thừa U xơ tử cung, cắt tử cung bán phần, sa sinh dục, thủng ruột, thủng dạ dày.. và nhất là điều trị thành công Điều trị bệnh tay chân miệng 2b nhóm 2, có sử dụng Immunoglobulin, nhiều trường hợp sốt xuất huyết Dengue độ III và độ IV tái sốc lần 1, lần 2.
  Năm 2015, thực hiện Đề án xã hội hóa về các kỹ thuật Scanner và đầu năm 2017 thận nhân tạo đi vào hoạt động thành công và hiệu quà giảm chi phí cho bệnh nhân mắc hiểm nghèo phải đi tuyến trên.
  Công tác chỉ đạo tuyến cũng được chú trọng, nhiều năm qua đã triển khai nhiều kỹ thuật cho phường, xã và thực hiện Đề án 1816 đã hỗ trợ về chuyên môn và chuyển giao kỹ thuật mới mổ bắt con cho Bệnh viện Phụng Hiệp, Châu Thành.
  Câu lạc bộ Thầy thuốc tình nguyện còn khám và cấp thuốc miễn phí cho 18 .815 lượt, tổng kinh phi 182.950.000u đồng do CCVC Trung tâm Y tế đóng góp và hỗ trợ của các Mạnh thường quân. Phối hợp với Bệnh viện Đa khoa Hậu Giang- bệnh viện Mắt Cần Thơ phẫu thuật miễn phí cho 2.852 lượt người nghèo.
   Y đức, chế độ giao tiếp được chú trọng, thiết lập đường dây nóng và đảm bảo trực 24/24 để tiếp thu ý kiến phản ảnh của người dân, kịp thời chấn chỉnh giảm tối đa sự phiền hà cho người dân. Đồng thời phát hiện nhiều gương mặt tiêu biểu điển hình khen thưởng dưới cờ hàng tháng cũng như có có biện pháp đối với các nhân, tập thể sai phạm về y đức, về chuyên môn làm ảnh hưởng đến bệnh nhân.
  Với những nổ lực của tập thể và sự chỉ đạo sâu sát của Sở Y tế sự nhiệt huyết của Ban Giám đốc Bệnh viện đã dần đưa Trung tâm Y tế thị xã Ngã Bảy ngày một phát triển cả về chiều sâu, tuy rằng còn nhiều vướng mắc còn một bộ phận CCVC vi phạm y đức nghề nghiệp và đã khắc phục sửa sai.
  Lực lượng CCVC Bệnh viện đồng lòng từ Ban giám đốc- đến nhân viên khác ngày 26 tháng 9 năm 2013 thử nghiệm và thành công bước đầu triển khai thực hiện phần mềm tổng thể bệnh viện, đây cũng là khởi sắc cho việc quản lý một cách chặt chẽ, chính xác và phục vụ bệnh nhân ngày hoàn thiện hơn, giảm thời gian chờ đợi của người bệnh và đến nay thì đã ổn định và liên thông với cổng giám định Bảo hiểm xã hội
  Đây là kết quả mà đội ngũ Thầy thuốc trẻ không ngừng phấn đấu trong sự lãnh đạo trực tiếp của Ban Giám đốc Trung tâm, vượt qua những khó khăn thách thức để đưa Trung tâm Y tế Ngã Bảy vững bước đi lên trong giai đoạn hiện nay.